kuruluş amacı, kurtuluş savaşı sırasında asker kaçaklarını tekrar ordu bünyesine döndürmek ve daha fazla asker kaçağı olmasını engellemekti. savaş sonrasında ise gerçekleşen devrim hareketine karşı yapılan veya yapılması planlanan eylemlerin önüne geçilmesi için çalışmıştır. savaş sonrası istiklal mahkemelerinde çıkan karar çoğu zaman idam olmuştur. istiklal mahkemelerinde çıkan kararlar sert ve kesindi. bazı çevrelerce kınanan ve gereksiz görülen, verdiği idam kararları katliam sayılsa da, o dönemin şartlarına en uygun davranış olmuştur. ülke yeni bir devrim hareketi içindeydi ve karşısında ki engelleri hızlı ve etkili bir biçimde bertaraf etmek zorundaydı. istiklal mahkemeleri de bunu çok güzel bir şekilde sağlamıştır. hatta günümüzde de kurulsa hiç fena olmıyacak gibi...